ساختار دانشگاه
الف- هیأت امنا
ب- رئیس دانشگاه
ج- شورای دانشگاه 
  

ترکیب هیأت امنای دانشگاه

1.  وزیر علوم ، تحقیقات و فناوری ،رئیس هیأت امنا
2.  معاون رئیس جمهور و رئیس سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور
3. ریاست دانشگاه دریانوردی و علوم دریایی چابهار،دبیر هیأت امنا
4.  ریاست دانشگاه سیستان و بلوچستان
5. مدیر عامل سازمان بنادر و کشتیرانی
6.  مدیر عامل کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران
7.  مدیر عامل شرکت ملی نفتکش ایران
8.  مشاور وزیر و مدیر کل دفتر هیاتهای امنا
9.  مشاور وزیر علوم و رئیس کمیسیون دائمی دانشگاه 
10. ریاست دانشگاه علوم وفنون دریایی خرمشهر 
11. معاون عمرانی استانداری استان س و ب 
12. نماینده مردم چابهار در مجلس شورای اسلامی 
13. نماینده ولی فقیه در استان س و ب وعضو شورای خبرگان رهبری وامام جمعه زاهدان
14.  4 یا 6 تن از شخصیتهای علمی ، فرهنگی ویا اجتماعی محلی و کشوری که نقش موثری در توسعه و پیشرفت دانشگاه داشته باشند

.