این دانشگاه در سال 1355 با همکاری دانشگاه سات هامپتون انگلستان و دانشگاه سیستان و بلوچستان (تحت عنوان دانشکده دریانوردی و علوم دریایی چابهار) جهت تربیت نیروی متخصص ناوگان دریایی کشور تاسیس شد و مدیریت و راهبری آن توسط پرسنل و مدرسین انگلیسی انجام می گرفت.
در سال 1357 با پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ایران کلیه پرسنل خارجی دانشگاه را ترک نموده و کلیه امور به استادان ایرانی محول شد.
تاکنون 25 دوره دانشجو در رشته دریانوردی عرشه و 11 دوره مکانیک کشتی از طریق کنکور سراسری به این دانشگاه وارد شدند. در حال حاضر 19 دوره از دانشجویان عرشه و 3 دوره از دانشجویان مکانیک کشتی و 8 دوره از دانشجویان مدیریت بازرگانی دریایی فارغ التحصیل و جذب بازار کار داخلی و ارگانهای دریایی و شرکتهای کشتیرانی شده اند.
اینک 5 دوره دانشجوی دریانوردی ، 4 دوره دانشجوی مکانیک کشتی و 11 دوره مدیریت و بازرگانی دریایی در حال تحصیل می باشند.
این دانشگاه در سال 1381 از دانشگاه سیستان و بلوچستان منفک گردید و بعنوان یک مرکز آموزش عالی دریانوردی و علوم دریایی مستقل کار خود را تا سال 1384 ادامه داد و از تیر ماه سال 1384 از مرکز آموزش عالی به دانشگاه ارتقاء یافت و رشته های جدید مهندسی کشتی سازی، مهندسی الکترونیک و مخابرات دریایی و مهندسی شیلات نیز به رشته های قبلی اضافه گردید.
در حال حاضر تمام دروسی که قبلاً توسط استادان خارجی تدریس می شد اینک توسط استادان ایرانی منجمله فارغ التحصیلان ممتاز این دانشگاه که دکتری خود را با استفاده از بورس همین دانشگاه از خارج از کشور اخذ نموده اند ارائه و مدیریت می شود.
دانشگاه دارای یک مجتمع آموزشی با 680 دانش آموز متشکل از دبستان و راهنمایی غیرانتفاعی و دبیرستانهای شبانه روزی دخترانه، پسرانه و مراکز پیش دانشگاهی می باشد.
این مجتمع از سال 1370 تاکنون یکی از پایگاههای تعلیم و تعلم باکیفیت عالی در منطقه بوده که تمام دانش آموزان ورودی آن از سوم راهنمایی از طریق آزمون سراسری سازمان سنجش و آموزش کشور پذیرفته می شوند. حدود 100% از فارغ التحصیلان این مجتمع در کنکور سراسری دانشگاهها نیز قبول شده و تعدادی از اعضاء هیئت علمی فعلی دانشگاههای کشور بویژه در سطح استان (چابهار، زابل، زاهدان) و متخصصین منطقه از فارغ التحصیلان این مجتمع شبانه روزی می باشند.
این دانشگاه در حال حاضر بعنوان یکی از دانشگاههای تخصصی و قطب آموزش و پژوهش صنعت دریانوردی و علوم دریایی ایران و خاورمیانه بوده و دارای 3 دانشکده و حدود 3000 نفر دانشجو در حال تحصیل دارد